En 1961, Holliger decide completar su formación como compositor y recibe clases de Pierre Boulez durante dos años en la Musikakademie de Basilea. Su carrera como concertista de oboe le ha llevado por los principales escenarios del mundo ya sea como oboísta o compositor. Entre sus composiciones se encuentran: Sequenzen über Johannes Y,32 (1962) para arpa, Streichquartett (1973) para cuarteto de cuerda , Scardanelli-Zyklus (1975-91) para flauta, pequeña orquesta, cinta y corazón mixto, 'Kommen und Gehen' (1976/77), Opera sobre texto de Samuel Beckett, Not Y (1978-1980) Monodrama, Lieder ohne Worte (1982-1994) Dos conjuntos de obras para violín y piano, What Where (1988), “Quintet for winds and piano”, (Ensemble Contrechamps) (1993-95) para violín y orquesta , Schneewittchen (1997/98) Opera.
Entre sus grabaciones se encuentran: Doce Conciertos para óboe de Albinoni, Op. 9, R. Strauss: “Concierto para oboe” (dir: Heinz Holliger ), Tres Conciertos para óboe BWV 1053, 1055 y 1059 de Bach, “Oboe Fantasía” (Keller Quartet) , “Concierto para violín y óboe de Bach en La mayor”, “Concierto para oboe de Marcello”, Concierto para óboe, arpa y orquesta de Lutoslawski, "Telemann - Concerti Per Oboe”, (Academy of St. Martin-in-the-Fields, director Iona Brown), Conciertos para óboe RV 446, 447, 452, 454, 463 y 545 de Vivaldi y Mozart "Serenade Es-Dur KV 375-Adagio”.
Para Heinz Holliger, el oboe se fue convirtiendo en un medio de investigación del sonido a través del cual podía crear nuevas combinaciones sonoras e innovadoras acrobacias musicales tales como trinos dobles, producción de armónicos dobles y simples, glissandi, acordes, diversos efectos con la ayuda de la lengua o con la ayuda de un micrófono, etc…. Holliger logró reintegrar el oboe al puesto de honor que se merece. Sus fraseos, unidos a un profundo control del aire y de la respiración, delatan una depuradísima técnica que en muchos momentos roza la más absoluta e ideal perfección musical. Holliger cuenta en su haber con el prestigiosísimo premio danés Sonning y asimismo logró el Premio del Festival de Zurich en 2007.